Nội soi gây mê được sử dụng để thăm khám đường tiêu hóa bao gồm thực quản, dạ dày - tá tràng và đại tràng, giúp phát hiện sớm và điều trị kịp thời các tổn thương và bệnh lý tại đây.

Trong quá trình nội soi, người bệnh sẽ được gây mê bằng thuốc an thần có tác dụng ngắn, tỉnh sau 15 phút và không ảnh hưởng tới sức khỏe. Vì thế khi người bệnh sẽ không hề có cảm giác khó chịu, tỉnh dậy khi đã hoàn thành thủ thuật. 

Việc gây mê đối với từng người cần theo chỉ định của bác sĩ. Một số người có tiền sử bệnh kèm theo không có chỉ định gây mê có thể áp dụng phương pháp nội soi qua đường mũi. Phương pháp này cũng không gây khó chịu hay kích thích cho người bệnh.

Nội soi gây mê được đánh giá là an toàn và ít biến chứng. Thuốc an thần dùng trong gây mê được tiêm tĩnh mạch theo một lượng đã được tính toàn phù hợp. Người bệnh tỉnh ngay sau khi kết thúc nội soi. Thời gian gây mê ngắn, lượng thuốc mê ít nên không gây hại cho sức khỏe. Hơn nữa theo một số thống kê, các biến chứng liên quan đến thuốc mê rất hiếm gặp. Tuy nhiên để hạn chế tối đa những nguy cơ này, trong một số trường hợp cụ thể (người bệnh tiểu đường, tim mạch…) cần được thăm khám kỹ càng và làm xét nghiệm cần thiết trước khi tiến hành nội soi gây mê.